Територията на общината е бедна на повърхностни водни ресурси. Модулът на оттока на повърхностните води е от 0.5 до 1 литър на кв.м. Порьозността на льосовата покривка и окарстена варовикова основа, заедно със слабия наклон на релефа, определят липсата на повърхностно течащи води и наличието на суходолия. Малки количества подпочвени води и с твърде непостоянен дебит са акумулирани в най-долните хоризонти на льосовите отложения. На места в ниските участъци на доловете са каптирани в малки чешми.
На територията на Община Кубрат има само една малка река – р. Топчийска, която е в района на с. Каменово. Река Топчийска (или Тетовска) е река-суходолие, приток на р. Дунав. Започва от м. Чакмаклък край жп линията Русе - Варна и на около 3000 метра североизточно от гара Разград в околностите на с. Липник (общ. Разград). Тече на север през с. Топчии (общ. Ветово), където има красиви скали и след Кубрат се превръща в суходолие. Влива се северно от с. Малко Враново (общ. Сливо поле). Дължина – 88.6 км и водосборна площ – 659.8 кв.км. Епизодично водно течение (особено след Кубрат). Геоложката основа в басейна е преимуществено с кватернерна възраст - льос и льосовидни седименти, (варовикови, кремъчни и глинести наслаги). На някои места се разкриват варовици, мергели и пясъчници с долнокредна възраст. Гъстотата на речната мрежа в басейна на реката е много ниска - от под 0.1 до 0.2 км/кв.км. Модулът на речния отток е незначителен - около 0.5 куб.дм/сек/кв.км. Басейнът на реката попада в областта с непостоянен речен отток в страната. Поради това коефициентът на вариация на речния отток Сv е над 0.8, а коефициентът на оттока – 0.05-01 (от 5 до 10% от валежите се оттичат).
Изградени са 12 общински микроязовира и изравнители, намиращи се в селата Звънарци, Юпер, Божурово, Бисерци, Тертер, Савин и Севар. От общо 30 водоема на територията на Община Кубрат 16 са сухи. На концесия са дадени 6 от непресъхналите водоеми, като същите се използват и за напояване на животни и развъждане на риба.